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ATAC-seq专题---生信分析流程
ATAC-seq信息分析流程主要分为以下几个部分：数据质控、序列比对、峰检测、motif分析、峰注释、富集分析，下面将对各部分内容进行展开讲解。 下机数据经过过滤去除接头含量过高或低质量的reads，得到clean reads用于后续分析。
ChIP-Seq原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP） 特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段 ，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。ATAC-seq是 全基因组范围 内，找出所有的OCR。
相比起来，ATAC-seq的重复性，比MNase-seq和DNase-seq的更强，操作起来也更加简单，而且只需要很少的细胞/组织量，同时出来的信号更加漂亮。目前已经是研究染色质开放性首选的技术方法。
下面的内容主要介绍这一节课程中RNA-Seq和ChIP-Seq的整合分析中提到的两种方法： 一是直接比较 ，即首先得到差异基因与ChIP-Seq靶基因的overlap，然后选择一些关键基因比较一下谱图。
使用DiffBind包提取ATAC-seq数据中的差异peaks主要包括以下几个步骤：准备输入数据：首先，需要准备ATAC-seq数据，这通常是peak调用软件（如MACS2）产生的peak文件。对于多个样本，你需要为每个样本准备一个peak文件。
Linux文本操作常用命令
1、man 对你熟悉或不熟悉的命令提供帮助解释 eg：man ls 就可以查看ls相关的用法 注：按q键或者ctrl+c退出，在linux下可以使用ctrl+c终止当前程序运行。
2、cat 命令 cat（连接的缩写）是 Linux 中最常用的命令之一。它用于在标准输出（sdout）上列出文件的内容。要运行此命令，请键入 cat，然后输入文件名及其扩展名。例如：cat file.txt。
3、用tab键替换^ ^ ^ ^ ^ ^，命令为136 [11*]。
4、linux常用命令： pwd命令 该命令的英文解释为print working directory（打印工作目录）。输入pwd命令，Linux会输出当前目录。 cd命令 cd命令用来改变所在目录。
生物信息学安装哪个版本的linux
一门脚本语言，个人推荐Python（Perl也可以，各有利弊，Python更新兴一些）。Linux系统。这个也不是百分百要求，但是专业的生信人，都是用Linux的，而且很多软件都是不支持Windows的。
RedHat版本，5和0为最新，也是目前培训、学习、应用方面，知名度最高的Linux发行版本，对硬件兼容性来说也是非常不错的，版本更新速度很快，对新硬件和新技术支持较好。
Linux Mint Mint最大的特点就是极其符合Windows用户的操作习惯，甚至贴心地准备了更新管理器、开始菜单、office等用户在Windows上喜闻乐见的功能。Mint是一个真正的开箱即用的发行版本。
Kali Linux Kali Linux是基于Debian的Linux发行版，设计用于数字取证操作系统。每一季度更新一次。由Offensive Security Ltd维护和资助。
生信分析怎么学?
生物信息学分析：利用各种生物信息学工具和数据库，进行进一步的分析和挖掘。结果展示：将分析结果进行可视化展示，包括绘制热图、散点图、柱状图等，便于分析者进行结果解读。结果验证：通过[_a***_]验证分析结果的准确性和可靠性。
确定自己的方向想要学习生物信息专业技术，首先就要给自己确定一个研究方向，让自己以后从事的专业得到更好的发展。
生物信息学的蛋白分子研究通常包括以下几个步骤：蛋白质序列分析 利用生物信息学工具和数据库（例如NCBI、UniProt）获取蛋白质的氨基酸序列。
有了基础知识的铺垫，就可以尝试着自己做些练习了，paper上面都会给出他们的数据、原码地址，可以找来自己试试，先看看自己能不能做出一样的效果。当然，这时要是你手里正好有项目，那就更好了。
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